新疆黑木耳工程技术中心也叫“万亩亿元工程技术中心”是浙江科技援疆、扶贫援疆项目，在阿克苏地委、行署和浙江省援疆指挥部的大力支持下，共同建设完成的。 

目前，中心占地面积近8000平米（其中实验室面积1350㎡，试验田面积10亩，粉碎场地800㎡），按照功能使用要求划分为微生物实验区、中试生产区和田间栽培试验区。工程中心建设的中试生产区，共有8个功能性车间包括（粉碎、料棒制作、灭菌、预冷却、冷却间、液体发酵间、接种间、养菌房），拥有仪器设备26台套，主要开展菌包基质混配中试试验、菌包制作工艺参数优化试验、高温高压灭菌参数优化试验，通风预冷过程化控制研究、菌包接种工艺技术、液体菌种基质优化中试试验，养菌观察等试验工作。菌包中试制作生产线车间面积有220㎡，粉碎场地800㎡，每天可生产2500个菌包，高温程序灭菌锅一次性可容纳2500包菌包灭菌作业，3个养菌室满负荷运行可容纳25000棒。

其次是微生物实验区，共有实验室2间，建筑面积115㎡，拥有实验仪器设备53台套，主要开展黑木耳菌种孢子分离、组织分离与微生物形态观察、试管斜面培养、菌种平板培养与其他杂菌培养实验；黑木耳菌种培养基（液体、固体及菌包培养基）成分配比实验与观察研究实验，菌种纯化与贮藏，其他食用菌菌种的试验。

田间栽培试验区。分拱棚遮阳、立柱式遮阳和林下遮阳3种模式。拱棚遮阳网试验田120㎡，可放置600包菌包；立柱式遮阳网试验田5亩，可放置2万菌包；杨树林下试验田5亩可放置2万菌包，合计一次性可放置4万多菌包。

中心成立之初就邀请浙江省农科院园艺所副所长蔡为明研究员，浙江省指挥部食用菌方面的专家叶祥发处长、金群力研究员，新疆农业科学院植保所魏鹏研究员的团队前来工程技术中心现场做技术指导与交流，开展讲座授课培训，全方位提升工程技术中心技术人员的知识结构水平；目前，中心研发团队基本掌握了菌种分离、纯化、生产等相关技术，初步掌握了整个黑木耳生产流程与关键技术。